В пода на църквата е изсечена каменна стълба, която през тесен ходник води към останалите помещения на първо ниво. От края на стълбата започва тесен коридор, в северната стена на който са запазени шест монашески килии. Те са били отделени една от друга и от коридора с дървени прегради. В стените се забелязват неголеми ниши, в които са били поставяни икони или други вещи на монасите.

Източно от трапезарията по къса рампа се стига до малко помещение, от което липсва по-голямата част. Оцелялата полукръгла абсида на източната стена и ориентацията изток-запад свидетелстват, че това е малка църква. Близостта й с разположената отдолу крипта (гробница) подсказва, че това е църква за заупокойни молитви. Църквата е изпълнявала още една - комуникативна функция. От нея е започвала вита дървена стълба, която през коминообразен отвор е водела към параклиса на второ ниво.

Криптата (гробницата) е разположена в най-ниската част на първо ниво. Останките от зидана стена свидетелстват, че тя е била отделена от външния свят и входната площадка. Средновековната крипта е имала само три гроба. Малкият им брой дава основание да се предположи, че и в Аладжа манастир е съществувала широко разпространената практика от средновековните манастири костите на починалите монаси да бъдат изваждани след седемгодишен престой в гроба и след съответния ритуал да бъдат полагани в обща костница. Къде е костницата на скалния манастир, е неизвестно. Останалите два гроба са издълбани върху входната площадка и са от по-късно време, за което свидетелства откритият в единия от тях сребърен пръстен-печат от ХVIII век.
Второто ниво на скалния манастир представлява само една по-голяма ниша, в източния край на която е разположен параклисът. Това е единственото запазено зидано помещение в манастира и е било използвано за второстепенните, ежедневни църковни служби, докато в главната манастирска църква са били извършвани по-важните и празничните литургии. Поради трудния достъп, дължащ се на разположението на параклиса и рухването на дървената стълба от първо ниво още през Средновековието, тук са съхранени част от оригиналните средновековни стенописи. Най-добро е състоянието на композицията върху тавана, която представлява един от основните сюжети в християнството - Възнесение Христово. Стилът в изписването на отделните фигури, цветовата гама и орнаментацията дават възможност стенописите от параклиса да бъдат отнесени към ХIII - ХIV век, което със сигурност определя периода на разцвет на монашеската обител.

Истинското християнско име на манастира не е известно. Названието "аладжа" е от персийско-турски произход и означава "пъстър, шарен". То вероятно се дължи на запазените до по-ново време стенописи от параклиса. В края на миналия век К. Шкорпил е записал едно предание, според което манастирът се е наричал "Свети Спас". Името произлиза от Христос - Спасител.